Isteri Phillip yang telah berpisah, Margaret, telah meninggal dunia pada tahun 1792 dan dikebumikan di St Beuno's Churchyard, Llanycil, Bala, Merionethshire.[40] Pada tahun 1794 Phillip mengahwini Isabella Whitehead, dan tinggal buat satu masa di Bath. Kesihatannya beransur-ansur pulih dan pada tahun 1796 beliau kembali ke laut, mengadakan siri arahan dan bertanggungjawab dalam peperangan menentang Perancis. Pada Januari 1799 beliau menjadi Laksamana Muda. Pada tahun 1805, berusia 67, beliau bersara dari Tentera Laut dengan pangkat Laksamana Biru, dan menghabiskan sebahagian besar hidupnya di Bath. Dia terus berhubungan dengan rakan-rakan di New South Wales dan menggalakkan kepentingan koloni dengan pegawai kerajaan. Beliau meninggal dunia di Bath pada tahun 1814.[41]

Phillip dikebumikan di St Nicholas's Church, Bathampton. Dilupakan selama bertahun-tahun, kubur itu ditemui pada 1897[42]dan Premier New South Wales, Sir Henry Parkes, mepulihkannya. Satu upacara peringatan diadakan di sini sekitar tarikh lahir Phillip oleh Persatuan Britain-Australia untuk memperingati hidupnya.

Pada 2007, Geoffrey Robertson QC mendakwa mayat Phillip ini tidak lagi berada di Gereja St Nicholas, Bathampton dan telah hilang: "...Kapten Arthur Phillip bukanlah di mana batu lejar katakan: adalah mungkin beliau dikebumikan di suatu tempat di luar, mungkin juga dia hilang. Tetapi dia bukanlah di mana warga Australia percaya dia berada."[43]